包头医学院成立于1958年，是新中国在少数民族地区较早建立的一所普通高等医学院校，建校当年即招收五年制临床医学专业本科学生。1959年和1961年，包头市卫生学校和内蒙古卫生干部进修学院先后并入包头医学院。1965年，改为包头医学专科学校。1978年，教育部批准恢复包头医学院。2003年6月，教育部决定包头医学院与包头钢铁学院、包头师范学院合并组建内蒙古科技大学，2004年12月内蒙古自治区人民政府批准内蒙古科技大学分为三个具有独立法人资格的办学实体，原包头医学院冠名为内蒙古科技大学包头医学院。
学校坐落于内蒙古自治区包头市，占地面积67万余平方米，建筑面积26万余平方米。经过60年建设和发展，已形成集全日制本科教育、研究生教育、继续教育、职业教育为一体的办学格局，以医学为主，管理学、理学、法学、文学、教育学多学科协调发展的学科体系。1997年通过原国家教委本科教学工作合格评估，2008年在教育部本科教学工作水平评估中被评为“优秀”,是自治区级文明单位。
学校有16个二级学院，有11个临床医学院，开设20个本科专业。有自治区级品牌专业5个，自治区级重点建设专业2个。预防医学专业是国家级特色专业建设点、教育部本科专业综合改革试点。
学校面向全国18个省、自治区招生。现有各级各类在校生13600人。学校累计为国家培养了6.5万余名毕业生，以1984届校友、中国工程院院士高长青为代表，大批优秀校友成为医疗卫生事业中的著名专家、学者，为国家和内蒙古自治区经济发展、社会进步做出了重要贡献。
学校自1980年开始招收硕士研究生，1986年获得硕士学位授权资格。现有3个硕士学位授权一级学科，4个硕士专业学位授权一级学科，2个硕士学位授权二级学科。现有国家临床重点建设专科1个；5个自治区临床医学领先学科，4个临床医学重点学科；3个内蒙古自治区高等教育系统重点学科，2个内蒙古自治区重点培育学科。
建有内蒙古自治区级重点实验室4个，内蒙古自治区医疗卫生系统重点实验室2个，内蒙古自治区级实验教学示范中心5个，内蒙古自治区工程技术研究中心4个。现有8个包头市和内蒙古自治区两级院士专家工作站。设有内蒙古自治区基因诊断研究所、内蒙古自治区应用解剖研究所、内蒙古自治区消化病研究所、内蒙古自治区高血压病研究所、内蒙古自治区全科医学培训中心等研究培训机构。