南通大学医学院前身是南通医学院，渊源于1912年3月清末状元张謇及其兄创办的私立南通医学专门学校，是我国最早创办的高等医学院校之一，至今已有103年的办学历史。 

学院现有19个系，其中临床医学系、影像医学系下设18个教研室；分别设有基础医学和临床医学实验教学中心，还设有基础医学和临床医学研究中心及13个研究所。 

学院有教职员工337人，其中专任教师248人，专任教师中高级职称比例为70.9%，博士（含在读）占61.7%，另外还有一大批兼职教师；现有博士生导师38人，硕士生导师414人。 

学院现有国家重点学科培育建设点1个、省优势学科1个，省一级学科重点学科2个，二级学科重点学科22个。现有一级学科博士学位授权点2个，含二级学科博士学位授权点22个；有一级学科硕士学位授权点3个，含二级学科硕士学位授权点25个；国家级博士后科研流动站2个。 

近几年来，学院获国家技术发明二等奖1项，江苏省科学技术进步一等奖2项，江苏省科技进步三等奖3项；获国家级科研项目111项，省部级科研项目43项，市厅级科研项目242项；获发明专利117项；发表论文3000余篇，其中SCI收录论文900余篇。