锡林郭勒职业学院现设有医学院、机械与电力工程学院、草原生态与畜牧兽医学院、蒙古语言文化与艺术学院、体育学院、齐·宝力高国际马头琴学院、马术学院、成吉思汗电影艺术学院、通用航空学院、师范学院、经济管理学院、信息技术工程学院、民族中等职业学校、继续教育学院、广播电视大学和福达驾驶员培训中心等16个教学单位，设有蒙古文化研究所、蒙古族科学史与游牧文明研究院、褐煤粉煤灰工程技术研究院、生物工程研究院等研究机构。学院与吉林大学、内蒙古师范大学联办招收了在职工程硕士和教育硕士研究生学位班，与内蒙古工业大学联合举办电气工程及其自动化、热能与动力工程，与内蒙古医科大学、内蒙古师范大学、内蒙古农业大学、赤峰学院合作开设蒙医学、学前教育（蒙、汉）、体育教育（足球）、食品质量与安全、护理等8个职业本科专业；开设有护理、电厂热能动力装置、畜牧兽医、播音与主持（蒙古语）等52个高职专业及火电厂热力设备运行与检修、农村医学、足球等36个中职专业。