广州市医药职业学校注重学生的社会核心竞争力，重视学生升学出路，不断拓展升学渠道，为学生提供继续深造的平台。学校开设的各类专业均有对口高职高专升学专业。学生可以通过以下几种形式完成大专学业：
1. 学校与对口高职院校开办三二分段衔接五年大专；
2. 第三年可以参加“3+专业技能证书”考试报考职高专院校。
3. 学校与广州中医药大学、广东食品药品职业学院两所高高校联合开办成人专科学历教育，在校学生可以通过参加成人考试报考。